研究院设立理事会作为最高决策机构，理事会由淄博市相关部门、区域内企业代表以及山东理工大学有关人员组成；设立咨询委员会作为研究院研究队伍整合、研究方向优化、研究成果提升等方面的指导、咨询机构；设立院务委员会作为日常工作机构；设立区域发展与规划研究中心、区域生态建设与可持续发展研究中心、地方法治与社会治理研究中心（企业法律事务研究中心）、区域科技发展与创新管理研究中心、第三方评估中心、政府与社会资本合作研究咨询中心（合规研究中心）等若干研究中心。